RILseqDB

A database of Hfq-mediated RNA interactions determined by RIL-seq

Name Genomic annotation RNA1 RNA2
RNA1 RNA2 RNA1 RNA2 Chromosome Strand Start of first read Start of last read Chromosome Strand Start of last read Start of first read Interactions Odds Ratio
nuoM arcZ CDS sRNA chr - 2392935 2393021 chr + 3350662 3350698 23 9.6
aspA arcZ CDS sRNA chr - 4368288 4368376 chr + 3350663 3350698 187 9.5
argQ.yqaB.IGR arcZ IGR sRNA chr - 2817736 2817775 chr + 3350678 3350698 30 12.1
argQ.argZ.IGT arcZ IGT sRNA chr - 2817999 2818060 chr + 3350614 3350698 63 10.1
tnaA arcZ CDS sRNA chr + 3888995 3889057 chr + 3350679 3350698 150 5.4
ompC arcZ CDS sRNA chr - 2312279 2312377 chr + 3350674 3350698 96 3.1
cspD arcZ CDS sRNA chr - 922443 922541 chr + 3350678 3350697 21 5.0
tnaC arcZ CDS sRNA chr + 3888036 3888477 chr + 3350674 3350697 35 5.9
gcvB aroC.prmB.IGT sRNA IGT chr + 2942695 2942778 chr - 2447380 2447572 231 2.0
flgH asnW.yeeN.IGR CDS IGR chr + 1135595 1135672 chr - 2057929 2057936 48 7185.6
cpxP.3UTR bamA.skp.IGT 3UTR IGT chr + 4106330 4106343 chr + 200415 200495 16 16.5
gcvB bamD sRNA CDS chr + 2942695 2942741 chr + 2736879 2736931 32 5.8
micA bamE sRNA CDS chr + 2814800 2814831 chr + 2753937 2753941 18 16.3
ompC.5UTR bhsA 5UTR CDS chr - 2312782 2312830 chr + 1169320 1169403 27 105.6
ompF.5UTR bhsA 5UTR CDS chr - 986982 987093 chr + 1169317 1169402 17 8.0
arcZ blr sRNA CDS chr + 3350641 3350651 chr + 1704681 1704751 26 4.9
fnrS chaA sRNA CDS chr + 1409128 1409134 chr - 1271806 1271850 14 11.8
raiA cheB CDS CDS chr + 2737190 2737326 chr - 1967420 1967544 13 19.1
chiP.5UTR chiX 5UTR sRNA chr + 708232 708652 chr + 507225 507290 47374 1.7
arcZ clpS sRNA CDS chr + 3350624 3350656 chr + 923080 923140 24 11.6