Site logo

RILseqDB

A database of Hfq-mediated RNA interactions determined by RIL-seq

Huji Logo
Name Genomic annotation RNA1 RNA2
RNA1 RNA2 RNA1 RNA2 Chromosome Strand Start of first read Start of last read Chromosome Strand Start of last read Start of first read Interactions Odds Ratio
nrfA.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr + 4287283 4287775 chr + 4106349 4106389 332 21.4
ybgE cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 774478 774519 chr + 4106327 4106388 26 5.5
cysB.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr + 1333773 1333833 chr + 4106324 4106387 31 16.8
yqeB cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 3012798 3012893 chr + 4106354 4106387 19 29.4
hupB.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr + 461305 461475 chr + 4106324 4106388 459 3.7
arfB cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 215127 215392 chr + 4106345 4106387 21 6.8
rfbC cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 2109732 2109875 chr + 4106340 4106387 15 32.5
pheT cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 1795567 1795663 chr + 4106357 4106388 119 51.9
uspA.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr + 3640084 3640147 chr + 4106352 4106387 87 24.0
lacY.lacZ.IGT cpxP.3UTR IGT 3UTR chr - 363198 363274 chr + 4106367 4106387 21 7.8
ddlA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 400641 400952 chr + 4106340 4106387 12 15.7
rfbB cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 2111979 2112169 chr + 4106379 4106387 12 18.9
htpX cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 1912399 1912589 chr + 4106369 4106387 16 9.7
mioC cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 3926326 3926475 chr + 4106354 4106388 18 11.2
bamA.skp.IGT cpxP.3UTR IGT 3UTR chr + 200305 200498 chr + 4106342 4106387 84 38.1
yieP cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 3941108 3941238 chr + 4106366 4106387 35 5.7
dcuA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 4366732 4366752 chr + 4106379 4106387 21 17.8
srlA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 2825789 2825967 chr + 4106359 4106388 96 3.6
lpxD.fabZ.IGT cpxP.3UTR IGT 3UTR chr + 202073 202089 chr + 4106340 4106387 15 10.9
secM cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 107606 107791 chr + 4106365 4106387 28 15.9