Site logo

RILseqDB

A database of Hfq-mediated RNA interactions determined by RIL-seq

Huji Logo
Name Genomic annotation RNA1 RNA2
RNA1 RNA2 RNA1 RNA2 Chromosome Strand Start of first read Start of last read Chromosome Strand Start of last read Start of first read Interactions Odds Ratio
nagE.5UTR cof 5UTR CDS chr + 703839 703965 chr + 468177 468271 86 43.5
hycB.hycA.IGT cpxP.3UTR IGT 3UTR chr - 2849899 2850007 chr + 4106368 4106387 66 554.6
yihG.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr - 4046615 4046627 chr + 4106369 4106387 22 104.7
ycaM cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 947187 947215 chr + 4106358 4106387 28 61.8
araJ cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 412415 412463 chr + 4106355 4106387 17 46.0
gcd.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr - 141216 141263 chr + 4106353 4106387 11 389.8
tehA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 1500593 1500625 chr + 4106378 4106387 10 112.6
truA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 2434982 2435174 chr + 4106353 4106387 134 23.4
ilvX cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 3950489 3950557 chr + 4106380 4106387 26 37.2
kgtP.EST5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr - 2725779 2725801 chr + 4106379 4106387 78 23.5
paaX cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 1463781 1463870 chr + 4106380 4106387 10 33.4
emrA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 2811393 2811583 chr + 4106361 4106388 41 39.8
cfa.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr + 1741200 1741274 chr + 4106352 4106388 92 11.0
dtpB cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 3640789 3640868 chr + 4106357 4106387 53 22.8
yjiT cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 4572456 4572477 chr + 4106379 4106387 16 35.3
yadD cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 147388 147766 chr + 4106354 4106387 28 12.3
yfaY cpxP.3UTR CDS 3UTR chr - 2363592 2363655 chr + 4106369 4106387 14 29.3
fecA.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr - 4516700 4516708 chr + 4106370 4106387 36 5.8
nanA.5UTR cpxP.3UTR 5UTR 3UTR chr - 3373587 3373621 chr + 4106356 4106387 72 49.8
amyA cpxP.3UTR CDS 3UTR chr + 2007394 2007468 chr + 4106339 4106387 13 19.6