RILseqDB

A database of Hfq-mediated RNA interactions determined by RIL-seq

Name Genomic annotation RNA1 RNA2
RNA1 RNA2 RNA1 RNA2 Chromosome Strand Start of first read Start of last read Chromosome Strand Start of last read Start of first read Interactions Odds Ratio
ompF arcZ CDS sRNA chr - 986781 986876 chr + 3350653 3350699 720 5.3
uup arcZ CDS sRNA chr + 1010634 1010866 chr + 3350677 3350697 17 6.3
lptF arcZ CDS sRNA chr + 4486689 4486829 chr + 3350663 3350698 16 10.1
gcvT arcZ CDS sRNA chr - 3050485 3050555 chr + 3350667 3350697 62 3.0
sucD arcZ CDS sRNA chr + 764178 764227 chr + 3350664 3350698 45 2.9
crp arcZ CDS sRNA chr + 3486181 3486210 chr + 3350652 3350699 91 12.1
fliF arcZ CDS sRNA chr + 2013790 2013876 chr + 3350677 3350697 33 6.2
cspF.ydfT.IGR arcZ IGR sRNA chr + 1642182 1642257 chr + 3350672 3350698 30 5.5
clcA arcZ CDS sRNA chr + 176257 176522 chr + 3350679 3350697 16 7.7
fre arcZ CDS sRNA chr + 4026721 4026877 chr + 3350666 3350698 28 3.7
gcvH arcZ CDS sRNA chr - 3049488 3049606 chr + 3350644 3350697 141 1.7
valS arcZ CDS sRNA chr - 4483797 4483850 chr + 3350679 3350698 11 20.5
glpT arcZ CDS sRNA chr - 2352281 2352372 chr + 3350665 3350698 117 3.0
tnaC.tnaA.IGT arcZ IGT sRNA chr + 3888478 3888977 chr + 3350640 3350698 2003 7.8
fliF arcZ CDS sRNA chr + 2014779 2014868 chr + 3350663 3350698 56 3.8
uspA arcZ CDS sRNA chr + 3640080 3640276 chr + 3350674 3350698 112 4.4
clpS arcZ CDS sRNA chr + 923078 923157 chr + 3350677 3350698 33 9.5
ycbJ arcZ CDS sRNA chr + 971805 971849 chr + 3350668 3350698 19 8.4
ompT arcZ CDS sRNA chr - 584916 585045 chr + 3350662 3350698 43 3.3
glpK arcZ CDS sRNA chr - 4117203 4117247 chr + 3350624 3350697 83 4.1