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RILseqDB

A database of Hfq-mediated RNA interactions determined by RIL-seq

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Name Genomic annotation RNA1 RNA2
RNA1 RNA2 RNA1 RNA2 Chromosome Strand Start of first read Start of last read Chromosome Strand Start of last read Start of first read Interactions Odds Ratio
recB arcZ CDS sRNA chr - 2953171 2953172 chr + 3350692 3350697 11 104.6
mqsA arcZ CDS sRNA chr - 3168232 3168300 chr + 3350662 3350698 63 41.1
lapB.pyrF.IGT arcZ IGT sRNA chr + 1341697 1341849 chr + 3350663 3350697 35 5.5
ymbA arcZ CDS sRNA chr + 1015223 1015263 chr + 3350672 3350698 16 11.7
opgD.EST5UTR arcZ 5UTR sRNA chr + 1496785 1496808 chr + 3350662 3350697 14 26.4
msrA.5UTR arcZ 5UTR sRNA chr - 4442195 4442230 chr + 3350677 3350698 10 20.9
yqjA.5UTR arcZ 5UTR sRNA chr + 3247582 3247767 chr + 3350662 3350698 130 5.3
alaA.lrhA.IGR arcZ IGR sRNA chr - 2406691 2406776 chr + 3350661 3350698 113 5.1
cobS arcZ CDS sRNA chr - 2065019 2065209 chr + 3350677 3350697 27 4.8
gltP arcZ CDS sRNA chr + 4294478 4294530 chr + 3350662 3350697 21 9.3
ydfW.flxA.IGR arcZ IGR sRNA chr - 1647079 1647120 chr + 3350622 3350698 37 3.7
btuE.btuC.IGT arcZ IGT sRNA chr - 1794135 1794144 chr + 3350675 3350697 20 18.9
kdsC arcZ CDS sRNA chr + 3342479 3342520 chr + 3350677 3350697 37 58.4
rfbA arcZ CDS sRNA chr - 2110290 2110304 chr + 3350679 3350697 27 7.4
flxA arcZ CDS sRNA chr + 1646156 1646465 chr + 3350616 3350698 199 5.0
flhD.5UTR arcZ 5UTR sRNA chr - 1978200 1978300 chr + 3350662 3350712 115 6.3
cstA.5UTR arcZ 5UTR sRNA chr + 629858 629916 chr + 3350657 3350698 57 5.5
ypfM arcZ CDS sRNA chr - 2590760 2590971 chr + 3350608 3350698 1946 6.2
aspC.ycbL.IGR arcZ IGR sRNA chr - 984398 984399 chr + 3350669 3350697 38 42.6
hypE arcZ CDS sRNA chr + 2854110 2854260 chr + 3350608 3350698 157 8.1